Primair hypogonadisme is een verslechterde of gestopte aanmaak van testosteron als gevolg van teelballen die minder goed in staat zijn om testosteron aan te maken. Vaak staat dit in verband met atrofie van de teelballen. Dit kan onder andere ontstaan door langdurig gebruik van anabole steroïden.
Dit houdt in het kort in dat de receptoren die zich in de teelballen bevinden ongevoelig zijn geworden voor signalen van van de hypofyse. Met andere woorden, het lichaam stuurt in zulke gevallen wel voldoende signalen naar de teelballen, maar deze zijn niet in staat deze signalen goed te interpreteren. Hierdoor zullen de teelballen minder testosteron aanmaken in verhouding met de vraag van de hypofyse.
Primair hypogonadise is dus in de kern iets anders dan secundair hypogonadisme, dat voortkomt uit onvoldoende signalen van de hypofyse.